资源贴|送你singleR的7个内置注释数据集

近来一些小伙伴留言要singleR中小鼠的注释数据集，呐，这不就来了嘛！

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前面在单细胞工具箱|singleR-单细胞类型自动注释（含数据版）中介绍了singleR进行自动化注释的方法以及2个人的内置数据集，这次补充另外的5个注释数据集。

singleR自带的7个参考数据集，其中5个是人类数据，2个是小鼠的数据：BlueprintEncodeData Blueprint (Martens and Stunnenberg 2013) and Encode (The ENCODE Project Consortium 2012) （人）DatabaseImmuneCellExpressionData The Database for Immune Cell Expression(/eQTLs/Epigenomics)(Schmiedel et al. 2018)（人）HumanPrimaryCellAtlasData the Human Primary Cell Atlas (Mabbott et al. 2013)（人）MonacoImmuneData, Monaco Immune Cell Data - GSE107011 (Monaco et al. 2019)（人）NovershternHematopoieticData Novershtern Hematopoietic Cell Data - GSE24759（人）ImmGenData the murine ImmGen (Heng et al. 2008) （鼠）MouseRNAseqData a collection of mouse data sets downloaded from GEO (Benayoun et al. 2019).鼠）

以下两种获取方式，按需自取

一 ，代码获取方式

和网速和访问方式有关

remotes::install_github("LTLA/celldex")library(celldex)ref <- HumanPrimaryCellAtlasData() save(ref,file = 'HumanPrimaryCellAtlasData.Rdata')ref <- BlueprintEncodeData() save(ref,file = 'BlueprintEncodeData.Rdata')ref <- MouseRNAseqData() save(ref,file = 'MouseRNAseqData.Rdata')ref <- ImmGenData() save(ref,file = 'ImmGenData.Rdata')ref <- DatabaseImmuneCellExpressionData() save(ref,file = 'DatabaseImmuneCellExpressionData.Rdata')ref <- NovershternHematopoieticData() save(ref,file = 'NovershternHematopoieticData.Rdata')ref <- MonacoImmuneData()save(ref,file = 'MonacoImmuneData.Rdata')

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